Святослав, к сожалению, полагаю, что при желании можно развалить в суде любую экспертизу по следующему алгоритму:
1. Образование полиграфолога (Кто и когда выдавал документ, дающий право проводить ПФИ? Когда полиграфолог повышал квалификацию? Есть ли у полиграфолога базовое ПСИХОлогическое образование, т.к. экспертиза ПСИХОфизиологическая?).
2. Методики, использованные полиграфологом (Кем разработаны? Кем рекомендованы? Кем утверждены?).
3. Полиграф (Сертификация, гарантийный срок эксплуатации, периодичность ТО, проверка исправности перед проведением ПФИ).
4. Помещение (Температура. влажность, внешние отвлекающие факторы).
5. Состояние ОЛ (перед, в процессе и после ПФИ).
6. Методики оценки результатов (Кем разработаны? Кем рекомендованы?)
7. Содержание заключения и ОБОСНОВАННОСТЬ выводов.

Около двух лет назад вступил в общественную организацию полиграфологов в связи с тем, что получил информацию о том, что судья полагает, что полиграфолог обязательно должен быть членом "саморегулируемой общественной организации полиграфологов".
Был в моей практике достаточно экзотический случай. Обвиняемый взял 51-ю статью. Неожиданно согласился на проведение ПФИ. Заключение получилось 50/50. Дело ушло в суд. В суде защита заявила ходатайство об исключении выводов, которые свидетельствовали против подсудимого на том основании, что в момент проведения ПФЭ он был под 51-й и фактически на полиграфе свидетельствовал против себя. Судья данную позицию поддержала.
Святослав, если интерес сохраняется, то напишите в личку свою электронку. Сброшу достаточно удачное (как я полагаю) заключение ПФИ, которое устояло в районном областном судах, несмотря на неочевидность обстоятельств.